1982 年，高等教育研究室成立， 1985 年高等教育研究室并入原教育科学研究所，作为该所三个研究室之一，同时成为全国首批设置的高等教育学硕士点； 1993 年设置了高等教育学博士点。 1990 年在高等教育研究室的基础上组建了校高等教育研究中心， 1998 年在系所调整中又建立了高等教育研究所。 2002 年 4 月，高等教育研究所成为教育科学学院中独立建制的研究所。

    高等教育研究所现设高等教育学学科，为博士、硕士学位授予点和教育学博士后流动站的学科之一。目前所内共有教师 14 人， 13 人获得博士学位，其中博士导师 6 人，硕士导师 5 人，兼职教授 3 人，体现了专兼结合，以专为主，老中青结合的优化结构。

    高等教育研究所致力于培养德、智、体全面发展的立志于高等教育领域从事教学、科研和管理工作的高级人才，到 2006 年 9 月一共招收 225 名硕士研究生，其中 121 名已获得硕士学位。 1994 年招收第一届博士研究生，开始了培养最高级专门研究人才的工作。到 2006 年 9 月，共招收 112 名博士研究生，其中 75 名已获得博士学位，并有 3 名博士毕业生的学位论文获中国高等教育学会优秀博士论文， 2 名获上海市社会科学优秀博士论文。 2000 年开始招收博士后研究人员，已有 6 名博士后出站。

    高等教育研究所现由高等教育理论、高等教育政策与管理、教师教育和学位与研究生教育四个研究室以及院校发展研究中心。高等教育学科点研究方向为：高等教育原理、高等教育管理、比较高等教育、教师教育研究、高等教育评价、高等教育政策、高等教育改革与发展专题研究。在长期研究的基础上，本学科逐渐形成了教师教育研究、高等教育评估研究、高等教育学与高等教育管理学理论体系研究、高校科技发展与管理研究等特色领域。承担了 20 余项国家级（含世界银行委托项目）研究课题， 50 余项省部级研究课题，出版学术著作 30 余部，参与编写专著 40 余部，发表学术论文 800 余篇。其中获得全国高等学校人文社会科学研究优秀成果一等奖，全国首届教育科学优秀成果一等奖等多项国家级和部委级奖励，在全国具有较大影响。